포괄적 인 웹 기반, 사용자 정의 가능한 프로테옴 분석 워크 플로우

2014-2-25 Ishihama Yasushi, 교토 대학교 제약 과학 대학원 제약 과학과 교수

(http : //www.pharm.kyoto-u.ac.jp/seizai/)

우리 실험실은 LC-MS 기반 Proteomics Lab입니다. 약 20 명의 학생과 교직원이 각자의 프로젝트를 수행하고 있으며 기본적으로 노동으로 나뉘 지 않고 있으며 모두 샘플 준비에서 LC-MS 측정 및 데이터 분석에 이르기까지 모든 작업을 수행합니다. 그것은 3 개의 회사와 4 개의 다른 MS 머신을 사용할뿐만 아니라 피크 피크 및 데이터베이스 검색 방법에 고유 한 방법을 사용하여 매우 복잡한 워크 플로우를 만듭니다. 또한, 우리는 펩티드 식별 후 데이터 마이닝을 위해 수제 소프트웨어를 운영하므로 매년 4 명의 학생들에게 배정되는 4 학년 학부생에게는 전체 바카라 사이트 쿠폰을 이해하고 획득하는 것이 매우 높은 장애물입니다. 이전에는 회사의 상업용 소프트웨어 패키지를 사용하여 마스코트 및 자체 바카라 사이트 쿠폰과 같은 상용 소프트웨어를 통합했지만 RAW MS 데이터의 파일 크기가 빠르게 증가함에 따라 상용 제품으로 여러 소프트웨어 제품의 빈번한 버전 업그레이드를 지원하는 것은 불가능 해졌습니다. 나는 바카라 사이트 쿠폰을보다 유연하게 사용자 정의 할 수있는 도구를 찾고 있었으며 웹 기반으로 작업을 관리 할 수 ​​있고 jobRequest (proteoanalysis)를 발견 할 수있었습니다. 여러 사용자를 웹을 통해 관리 할 수 ​​있으므로 다양한 형식의 대용량 MS 원시 데이터를 워크 플로에 지원하는 피크 피킹 도구를 통합 할 수 있으며 마스코트와 같은 친숙한 상용 검색 엔진조차 자동 검색 할 수 있습니다. 현재 시장에서 사용할 수있는 정량적 기능은 없지만 MS의 특성에 맞는 모듈을 선택하는 동안 사용할 수 있습니다.

프리웨어는 특히 Proteomics 분야에서 해외 주류가되었으며 Maxquant 및 Skyline과 같은 다기능 소프트웨어 패키지는 많은 사용자의 관심을 끌었습니다. 그러나 이들은 단일 실험실에서 개발되며 예를 들어 버그를보고하면 즉시 해결되지 않으며 아이디어가있는 경우 기능을 추가 할 수 없습니다. 반면, 현재 상황은 MS 장비가있는 소프트웨어에 액세스 할 수 없다는 것입니다. MS 자체의 개발 속도가 여전히 느려지지 않기 때문에 분석 소프트웨어는 계속 발전해야합니다. 다양한 연구원의 아이디어를 통합하면서 학생들이 스스로 진화 할 수있는 소프트웨어 개발 바카라 사이트 쿠폰이 필요할 것으로 예상됩니다.