플러그인 개발을 이용한 가스 위상 분획 LC-MS 데이터 분석

2014-3-25 기능 유전체학 및 프로테오믹스 로투스 바카라 그룹, Ku Leuven (벨기에)
로투스 바카라원 Hayakawa Eisuke (Kyushu University, 2014 년 4 월 이후 고급 퓨전 의료 산화 환원 나비 로투스 바카라 센터)

우리의 로투스 바카라 그룹 (Metabolomics Team, Functional Genomics and Proteomics, Ku Leuven)은 LC-MS를 사용하여 표적화되지 않은 대사체 분석을 수행합니다. 특히, 우리는 배양 된 조직으로부터 방출 된 미량의 대사 산물을 분석하는 데 중점을두고 있지만, 많은 농도의 물질과 미량의 대사 산물이 분석 샘플에서 혼합되어 이들을 동화되기 때문에 미량의 대사 산물을 측정하기가 어려웠다는 문제가 있었다. 따라서, 가스상 분류 (GPF)를 사용하여 LC-MS 분석 동안 여러 질량 범위의 분획으로 지속적으로 나누어서 넓은 동적 범위 및 높은 감도로 미량 물질을 측정하는 데 사용되었습니다. 그러나 GPF에 의해 얻어진 LC-MS 데이터에 대해 다른 질량 범위가 기록됩니다 (예 : SCAN1 : 100-200 M/Z, SCAN2 : 200-300 M/Z, SCAN3 : 300-500 M/Z 등)는 일반 소프트웨어로 분석을 어렵게 만듭니다. 특히, GPF LC-MS 데이터에서 피크 감지, 질량 특징 검출, 정량화 등과 같은 데이터 처리를 수행하기가 어려웠다.

따라서 Mass ++의 독특한 기능인 플러그인 개발 환경을 사용하여 GPF 데이터 분석을위한 플러그인을 개발함으로써 Mass ++에서 GPF 데이터를 분석 할 수있게되었습니다. 이 플러그인은 MZML 형식으로 GPF를 사용하여 LC-MS 데이터를 읽고, GPF 설정 및 조건 (질량 범위의 중복, 질량 범위 등)을 결정하고 연속 스캔으로 기록 된 분획의 스펙트럼을 하나의 스펙트럼으로 연결합니다. 변환 된 LC-MS 데이터는 Mass ++에서 평소와 같이 스펙트럼 및 (2D) 피크 감지를 볼 수 있으므로 GPF를 사용하여 LC-MS 데이터를보다 쉽게 ​​분석 할 수있어 일반 분석 소프트웨어에서는 어려웠습니다. 또한, 변환 된 LC-MS 데이터는 MZML 형식으로 출력되며 다른 LC-MS 분석 소프트웨어를 사용하여 읽을 수도 있습니다.

Mass ++는 사용자가 플러그인을 자유롭게 개발하고 소프트웨어에서 자체 데이터 분석 워크 플로를 실현할 수있는 매우 독특한 분석 환경입니다. 플러그인 생성 환경에 대한 이해하기 쉬운 자습서가 제공되어 플러그인 개발이 매우 쉽습니다. 지금까지 질량 분석법 데이터 분석은 대부분 기존 소프트웨어 패키지에 의존하거나 고급 프로그래밍 기술이 필요하지만 Mass ++ 플러그인 개발 환경으로 인해 로투스 바카라원이 자체 데이터 분석 방법을보다 쉽게 ​​개발할 수 있기를 바랍니다.